Az akvakultúrához jó vízminőségre van szükség a víziállatok optimális egészségének és jólétének, valamint a vízi gazdaság jövedelmezőségének biztosítása érdekében. Ezért az akvakultúra szempontjából különösen fontos az uniós tagállamok általi vízszennyezés elleni küzdelem, összhangban az európai zöld megállapodásban meghatározott szennyezőanyag-mentességi célkitűzéssel.
Az akvakultúra-termelőknek engedélyre van szükségük ahhoz, hogy tengervizet vagy édesvizet használjanak a gazdaságban. Amikor visszakerülnek a környezetbe, a víztest állapota nem romlik. Az uniós akvakultúra-létesítményekből származó kibocsátásoknak meg kell felelniük a szigorú uniós vízminőségi előírásoknak, valamint a szigorú nemzeti, regionális és helyi előírásoknak.
Az akvakultúra bizonyos formái, például a puhatestű-tenyésztés, valamint az algák és más gerinctelenek tenyésztése megfelelő gazdálkodás esetén javíthatja a vízminőséget a környezetben található tápanyag- és szervesanyag-többlet felszívódása miatt.