Akvakultūrai reikalinga gera vandens kokybė, kad būtų užtikrinta optimali vandens gyvūnų sveikata ir gerovė bei vandens ūkio pelningumas. Todėl ES valstybių narių kova su vandens tarša, laikantis Europos žaliajame kurse nustatyto nulinės taršos tikslo, yra ypač svarbi akvakultūrai.
Kad galėtų ūkyje naudoti jūros arba gėlą vandenį, akvakultūros produktų gamintojai turi gauti leidimą. Būtina užtikrinti, kad grąžinus vandenį į aplinką nepablogėtų vandens telkinio būklė. Iš ES akvakultūros objektų išleidžiamos nuotekos turi atitikti griežtus ES vandens kokybės standartus, taip pat griežtus nacionalinius, regioninius ir vietos teisės aktus.
Tam tikros akvakultūros formos, pvz., moliuskų auginimas ir dumblių bei kitų bestuburių auginimas, kai jos tinkamai valdomos, gali pagerinti vandens kokybę dėl maisto medžiagų ir organinių medžiagų pertekliaus absorbavimo iš aplinkos.