Vesiviljelus eeldab vee head kvaliteeti, et tagada veeloomade optimaalne tervis ja heaolu ning veekasvanduse kasumlikkus. Seepärast on ELi liikmesriikide veereostuse vastane võitlus kooskõlas Euroopa rohelises kokkuleppes määratletud nullsaaste eesmärgiga vesiviljeluse jaoks eriti oluline.
Vesiviljelustootjad vajavad enne kasvanduses mere- või magevee kasutamist luba. Kui veekogu seisund taastub keskkonda, ei tohi selle seisund halveneda. ELi vesiviljelusrajatistest väljuv vesi peab vastama rangetele ELi veekvaliteedi standarditele ning rangetele riiklikele, piirkondlikele ja kohalikele eeskirjadele.
Teatavad vesiviljeluse vormid, nagu molluskikasvatus ning vetikate ja muude selgrootute kasvatamine, kui neid nõuetekohaselt majandatakse, võivad parandada vee kvaliteeti ülemääraste toitainete ja orgaanilise aine imendumise tõttu keskkonnast.