Akvakultūrai ir vajadzīga laba ūdens kvalitāte, lai nodrošinātu ūdensdzīvnieku optimālu veselību un labturību un ūdenssaimniecības rentabilitāti. Tāpēc ES dalībvalstu cīņa pret ūdens piesārņojumu saskaņā ar Eiropas zaļajā kursā noteikto nulles piesārņojuma mērķi ir īpaši svarīga akvakultūrai.
Atļauja akvakultūras audzētājiem jāsaņem arī pirms jūras ūdens vai saldūdens izmantošanas saimniecībā. Ūdens, kas nonāk atpakaļ vidē, nedrīkst pasliktināt ūdensobjekta stāvokli. Novadījumiem no ES akvakultūras objektiem ir jāatbilst stingrajiem ES ūdens kvalitātes standartiem, kā arī stingrajiem valsts, reģionālajiem un vietējiem noteikumiem.
Daži akvakultūras veidi, piemēram, gliemju audzēšana un aļģu un citu bezmugurkaulnieku audzēšana, ja tie tiek pienācīgi pārvaldīti, var uzlabot ūdens kvalitāti, jo no vides tiek absorbēts liekais barības vielu daudzums un organiskās vielas.