Vattenbruket kräver god vattenkvalitet för att säkerställa optimal hälsa och välbefinnande för vattenlevande djur och en vattenbrukares lönsamhet. Därför är EU-medlemsstaternas kamp mot vattenföroreningar, i linje med den nollföroreningsambition som fastställs i den europeiska gröna given, särskilt viktig för vattenbruket.
Vattenbruksproducenter behöver tillstånd innan de använder havsvatten eller sötvatten till anläggningen. När de återgår till miljön får vattenförekomstens status inte försämras. Utsläppen från EU:s vattenbruksanläggningar måste uppfylla EU:s stränga vattenkvalitetsnormer och stränga nationella, regionala och lokala bestämmelser.
Vissa former av vattenbruk, såsom blötdjursodling och odling av alger och andra ryggradslösa djur, kan, om de förvaltas på lämpligt sätt, förbättra vattenkvaliteten på grund av att överskott av näringsämnen och organiskt material tas upp i miljön.