L'acquacoltura richiede una buona qualità dell'acqua per garantire la salute e il benessere ottimali degli animali acquatici e la redditività di un'azienda acquatica. Pertanto, la lotta contro l'inquinamento idrico da parte degli Stati membri dell'UE, in linea con l'obiettivo "inquinamento zero" definito nel Green Deal europeo, è di particolare importanza per l'acquacoltura.
I produttori acquicoli necessitano di un'autorizzazione prima di utilizzare acqua di mare o acqua dolce per l'azienda. Quando ritornano nell'ambiente, lo stato del corpo idrico non deve deteriorarsi. Gli scarichi provenienti dagli impianti di acquacoltura dell'UE devono rispettare le rigorose norme dell'UE in materia di qualità delle acque e le rigorose normative nazionali, regionali e locali.
Alcune forme di acquacoltura, come la molluschicoltura e l'allevamento di alghe e altri invertebrati, se adeguatamente gestite, possono migliorare la qualità dell'acqua grazie all'assorbimento di nutrienti in eccesso e di materia organica dall'ambiente.