ELi lähenemisviis antimikroobikumide kasutamisele loomadel on peamiselt reguleeritud rangete regulatiivsete meetmetega, mis on sätestatud Euroopa Parlamendi ja nõukogu 11. detsembri 2018. aasta määruses (EL) 2019/6, mis käsitleb veterinaarravimeid, ning Euroopa Parlamendi ja nõukogu 11. detsembri 2018. aasta määruses (EL) 2019/4, mis käsitleb veterinaarravimite manustamist konkreetselt ravimsööda kaudu. ELi õigusraamistikuga keelatakse antibiootikumide kasutamine majanduskasvu edendamiseks või tootlikkuse suurendamiseks. Kõikide antimikroobikumide kasutamine toimub veterinaarretsepti alusel pärast kliinilist läbivaatust või veterinaararsti muud nõuetekohast hindamist. Teatavaid antimikroobikume ei tohi kasutada loomadel, sest need on ette nähtud teatavate nakkuste raviks inimestel. Antibiootikumide ennetav kasutamine on lubatud ainult üksikul loomal, erandjuhtudel ja täpselt määratletud asjaoludel. Lisaks luuakse ELi tasandil ravimiohutuse järelevalve süsteem, mis hõlmab koostööd liikmesriikide, komisjoni, Euroopa Ravimiameti ja müügiloa hoidjate vahel, et täita müügiloa saanud veterinaarravimite ohutuse ja tõhususega seotud ülesandeid.
Toiduloomade, sealhulgas toiduks kasutatavate veeloomade mikroobivastaste veterinaarravimite müüki ELis on kuni 2022. aastani vabatahtlikkuse alusel jälgitud. Alates 2023. aastast jälgitakse müüki uue õiguslikult siduva süsteemi alusel. Neid andmeid kasutatakse selleks, et jälgida edusamme eesmärgi suunas vähendada 2030. aastaks ELis põllumajandusloomadele ja vesiviljeluses kasutatavate antimikroobikumide kogumüüki 50 % võrreldes 2018. aastaga (https://eur-lex.europa.eu/resource.html?uri=cellar:ea0f9f73-9ab2-11ea-9…). Alates 2026. aastast peavad liikmesriigid koguma andmeid antimikroobikumide kasutamise kohta kalades kategooriate kaupa (Atlandi lõhe, vikerforell, kuld-besuugo, harilik huntahven, harilik karpkala). Need antimikroobikumide kasutamise andmed peaksid olema aluseks antimikroobikumiresistentsuse vastaste sihipäraste meetmete määratlemisele.
Dokumendis „ELi vesiviljeluse kestlikkuse ja konkurentsivõime suurendamise strateegilised suunised aastateks 2021–2030“ rõhutatakse vajadust vähendada antibiootikumidest sõltuvust paremate loomakasvatustavade abil. Need tavad, mille eesmärk on edendada loomade heaolu ja haiguste ennetamist, on üliolulised, et leevendada antibiootikumide kasutamisega seotud riske ja kõrvaldada antibiootikumide väärkasutamine, järgides samal ajal nii keskkonna- kui ka rahvatervise eesmärke.
2022. aasta juulis tegid komisjon ja liikmesriigid kindlaks, et antimikroobikumiresistentsus on üks kolmest peamisest prioriteetsest terviseohtudest. Avaldati põhjalik aruanne liikmesriikide terviseühtsuse riiklike tegevuskavade kohta antimikroobikumiresistentsuse vastu võitlemiseks (https://health.ec.europa.eu/publications/overview-report-member-states-…) (ühtse tervise küsimus, mis tähendab, et see hõlmab inimeste tervist, loomatervist, taimetervist ja keskkonda ning on mitmetahuline piiriülene terviseoht, millega ei saa tegeleda üks sektor eraldi või üksikud riigid üksi).
26. aprillil 2023 võttis Euroopa Komisjon vastu ettepaneku võtta vastu nõukogu soovitus antimikroobikumiresistentsuse vastu võitlemiseks terviseühtsuse põhimõtte raames võetavate ELi meetmete tõhustamise kohta, milles liikmesriike julgustatakse võtma meetmeid toiduloomade, näiteks tehistingimustes peetavate kalade tervise ja heaolu parandamiseks, et vähendada nakkushaiguste esinemist ja levikut põllumajanduses ning seejärel antimikroobikumide kasutamise vajadust. 13. juunil 2023 võttis nõukogu vastu soovituse antimikroobikumiresistentsuse vastu võitlemiseks terviseühtsuse põhimõtte alusel võetavate ELi meetmete tõhustamise kohta (https://health.ec.europa.eu/publications/council-recommendation-steppin…). Soovituste eesmärk on edendada antimikroobikumide mõistlikku kasutamist, seades konkreetsed eesmärgid antimikroobikumiresistentsuse ja antimikroobikumide tarbimise kohta inimtervises. Samuti julgustatakse liikmesriike võtma meetmeid toiduloomade, näiteks tehistingimustes peetavate kalade tervise ja heaolu parandamiseks, et vähendada nakkushaiguste esinemist ja levikut põllumajanduses ning seejärel antimikroobikumide kasutamise vajadust.
Nagu on märgitud soovituse (ELi meetmete tõhustamise kohta antimikroobikumiresistentsuse vastu võitlemiseks terviseühtsuse põhimõtte abil) punktides 8 ja 9, on mõned strateegiad antibiootikumidest sõltuvuse vähendamiseks vesiviljeluses järgmised: I) nakkushaiguste ennetus- ja tõrjemeetmete vastuvõtmine; II) kalakasvandustes bioturvameetmete vastuvõtmine, mis on ettevõtjate kohustus vastavalt Euroopa Parlamendi ja nõukogu 9. märtsi 2016. aasta määruse (EL) 2016/429 (loomataudide kohta, millega muudetakse teatavaid loomatervise valdkonna õigusakte või tunnistatakse need kehtetuks (loomatervise määrus)) artiklile 10; III) soodustada aretusmeetodeid vesiviljeluses haigustele resistentsete tüvede väljatöötamiseks; IV) vaktsineerimise ja alternatiivide kasutamise edendamine, et aidata ennetada teatavaid haigusi (vaktsiinid pakuvad sihipärast immuunsust konkreetsete patogeenide suhtes; kuid need hõlmavad selliseid probleeme nagu liigipõhised piirangud.); v) uuenduslike söödalisandite, sealhulgas söödalisandite arendamise ja kasutamise edendamine, et parandada loomade füsioloogilist seisundit, näiteks putukapõhine sööt (need söödad sisaldavad valke, kitiini ja bioaktiivseid ühendeid (nt lauriinhape), mis võivad suurendada soolestiku mikrobiootilist mitmekesisust, parandada haiguste resistentsust ja vähendada sõltuvust kalajahust), probiootikumid (Probiootikumid, näiteks bacillus ja lactobacillus suurendavad immuunsust, kasvu ja stressitaluvust patogeenide tõkestamisel, eelbiootikumid (nt fruktooligosahhariidid (FOS) ja mannanoligosahhariidid (MOS) stimuleerivad valikuliselt kasulikke soolebaktereid, parandades toitainete imendumist ja immuunvastust) ja sümbiooti (mis ühendavad probiootika ja eelbiootikumid, suurendavad sünergilist resistentsust haigustele, soolemorfoloogiat ja mikrobiome tasakaalu); VI) tagada kõigi kalakasvanduse töötajate pidev väljaõpe nakkuste ennetamist ja tõrjet ning bioturvalisust käsitlevate teadmiste kohta (ka vastavalt määruse (EL) 2016/429 artiklile 11); VII) reoveesetete nõuetekohase käitlemise tagamine haiguste ja muude patogeenide ennetamiseks.
Need alternatiivsed strateegiad on kooskõlas FAO/WHO suunistega, edendades keskkonnasõbralikke vesiviljelustavasid, mis parandavad kalade tervist, minimeerivad jäätmeid ja vähendavad ökoloogilist kahju.
ELi õigusraamistiku tugevdamiseks rakendavad liikmesriigid mitmeaastaseid riiklikke vesiviljeluse strateegiakavasid, millesse on integreeritud antimikroobikumiresistentsuse vähendamise eesmärgid, mida sageli toetatakse Euroopa Merendus-, Kalandus- ja Vesiviljelusfondist (EMKVF). Nende kavade eesmärk on suurendada bioturvalisust, edendada vaktsineerimisprogramme ja soodustada investeeringuid alternatiivsetesse ravimeetoditesse.
EL rahastab ka antimikroobikumiresistentsusega seotud projekte vesiviljelussektoris (programm „Euroopa horisont“ ja EMKVF). Näiteks Cure4Aqua-keskendumine antibiootikumide biopõhiste alternatiivide väljatöötamisele ja NeoGiANT, mille abil valoritatakse põllumajanduslikke kõrvalsaadusi looduslikeks antimikroobseteks preparaatideks.